Avec l'annulation de la dernière série de la franchise, Stargate: Universe, plusieurs fans - dont ceux qui on boycotté la série à cause de l'annulation de Stargate: Atlantis - ont pensé que l'argent libérée permettrait de faire avancer les deux films à venir Stargate: Revolution, titre provisoire du prochain film de Stargate SG-1, et notamment le film Stargate: Extinction, mettant en scène les personnages de SGA et qui clôturerait la série.
Toutefois, Joseph Mallozzi a annoncé lors d'un question-réponse sur son blog que l'annulation de SGU mettait en mauvaise posture le film SGA. En effet, la chaîne Sy-Fy, qui est à l'origine de l'annulation de la dernière série Stargate, devait co-financer le futur film.

C'est ce qu'explique donc Mallozzi dans sa réponse à un fan :

Citation :

« Je suis désolé de le dire, mais l'annulation met un sérieux coup de frein aux progrès que le film SGA avaient réalisés le mois dernier, en fait cette annulation le repousse indéfiniment » selon lui. « Contrairement à ce que certains peuvent penser, l'annulation de SGU est une très mauvaise nouvelle pour ceux qui cherchent une suite à Enemy at the Gate (L'Empire contre-attaque). »

L'avenir de Stargate: Atlantis reste donc très incertain. Le film n'est pas complètement annulé, mais il est certain que l'avenir de SGU aura certainement un impact sur le film.
Joseph Mallozzi n'a pas mentionné en revanche, Stargate: Revolution.